Патологоанатомическое отделение проводит патогистологические исследования операционно-биопсийного материала диагностического центра, отделений хирургического профиля стационара и поликлиник №1 и №2. Спектр исследований материала включает патоморфологическое и иммуногистохимическое исследования. В Магнитогорске иммуногистохимическое исследование проводится только в лаборатории ПАО АНО «ЦКМСЧ».
Лаборатория полностью соответствует требованиям приказа №179Н от 24.03.2016 года, в работе используется современное оборудование фирмы Leica и ZEIZZ.Одним из разделов работы отделения являются аутопсии.

Патологоанатомическое отделение проводит:
-исследования с оформлением патогистологических заключений операционного и биопсийного материала всех категорий сложности;
-гистохимические и иммуногистохимические исследований. Диагностика заболеваний, опухолеподобных процессов и опухолей, выявление гистогенеза и прогностических маркеров злокачественных новообразований;
-интраоперационные исследования;
-аутопсийный раздел с выпиской медицинских свидетельств.

11сентября 1961года на территории медико-санитарной части было открыто патологоанатомическое отделение. Это было одноэтажное здание, гистологическая лаборатория занимала лишь маленькую комнату в 12кв.м. Первым заведующим отделением был Логинов Евгений Николаевич. По мере открытия новых отделений хирургического профиля в стационаре - увеличился объем лабораторных исследований, появилась необходимость расширения рабочих помещений ПАО.
В 1992 году был надстроен 2-ой этаж. В2010 году был реконструирован секционный зал и установлена современная холодильная камера. Модернизация всех этапов работы патологоанатомического отделения стала возможной благодаря введению в эксплуатацию современного оборудования фирмы Leica и ZEIZZ в 2021году и наличию автоматизированной системы управления. В лаборатории имеются : аппарат для иммуногистохимии Bond-maX; автомат для проводки карусельного типа Leica TP-1020; автомат для проводки процессорного типа ASP 6025;автомат для окраски микропрепаратов Leica Autostainer XL;автомат для заключения микропрепаратов Leica CV5030.
Для проведения срочных биопсий криостат Leica СМ 1860.
Имеются принтеры Leica для маркировки стекол и кассет, микротомы роторные Leica RM , аппарат для клинико-диагностических исследований Leica HI 1210 и1220, система модульная для заливки тканей в парафин Histo Core ARCADIA.

Патологоанатомическое отделение находится в отдельно стоящем двухэтажном здании на территории больничного городка.